2023-06-09 00:00:00来源: TargetMol小分子化合物专家浏览量:175
KRAS 是癌症中最常见的突变蛋白之一,据估计,每 7 个癌症病人中就有 1 个存在 KRAS 突变[1]。
目前,仅 14% 的癌症存在上市靶向药。其中, KRAS 作为驱动了 11.6% 的癌症的“罪魁祸首”[2],在过去长达几十年的研究中由于 蛋白表面没有适于小分子抑制剂结合的口袋,一度被认为是不可成药靶点,直到 2020 年首款靶向 KRAS G12C 的抑制剂 Sotorasib ( AMG 510 ) 的获批。
然而该抑制剂的作用依赖于G12C 突变体特有的 半胱氨酸残基,对于其他在癌症中占到更大比重的 KRAS突变类型并不适用,KRAS 靶向药仍有巨大的开发空间。
2023 年 5 月 31 日,来自美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心 ( MSKCC ) 的研究团队在 Nature 发文 Pan-KRAS inhibitor disables oncogenic signalling and tumour growth ,报道了一种 泛 KRAS9 ( Pan-KRAS )抑制剂 ,可抑制多种常见的 KRAS 突变体,为癌症的治疗开辟了更为广阔的新方向。
泛 KRAS 抑制剂的设计与 KRAS G12C 抑制剂相似,旨在能够 与更多种类的 KRAS 突变蛋白结合,并将其锁定在非激活状态,起到失活的作用。
研究基于 G12C 选择性抑制剂 BI-0474 进行改造,去除共价弹头 ( covalent warhead ) ,得到具有非共价抑制活性的 前体药物 1 ( precursor 1 ) 。
经过改造的分子抑制 G12C 的效力有所降低,但对其他 KRAS 突变体( G12D 和 G12V )的抑制作用显著增加 ( IC50 ≥ 1 µM ) 。
为进一步加强效价,研究团队分析了 precursor 1 与野生型 KRAS 蛋白的结合的晶体结构,发现哌嗪环在E62 和 D92 位点的结合欠佳。因此尝试在 C5 处引入受体功能 ( acceptor functionality ) 以增强 precursor 1 与 E62 位点的结合,改造得到 BI-2865。
相较 precursor 1, BI-2865 对 G12C 、 G12D 和 G12V 突变 KRAS 蛋白的增殖具有更好的抑制效果,平均 IC50 约为 140 nM。
基于 BI-2865 在多种 KRAS 突变体中的良好抑制作用,作者将 BI-2865 及其相关的化合物称为 泛 KRAS( pan- KRAS ) 抑制剂或 KRASi 。
晶体解析结果显示 KRASi 通过与 结合了 GDP 的 KRAS (非活性状态)结合,阻止 GDP-GTP 交换实现抑制作用。并且对野生型细胞增殖影响很小,也不影响影 HRAS 和 NRAS 这两个与 KRAS 结构相近的蛋白的正常功能,对人体的副作用较小,是一种优秀的泛 KRAS 非活性状态选择性抑制剂。
细胞实验显示, KRASi 在 39 种细胞系(包括肺癌、结直肠癌或胰腺癌)中,对 18 种 KRAS 突变显示出抑制作用,并且同时也能抑制下游信号的传导。
针对体内给药进行优化,作者又改造得到 BI-2493,对 KRAS 具有更高的选择性,成功抑制了 KRAS G12C 、 G12D 、 G12V 和 A146V 突变小鼠肿瘤的生长,且未检测出明显的生物毒性。
选择性抑制致癌信号与 KRAS 驱动的肿瘤生长
综上,本研究报道了了一种 泛 KRAS 抑制剂,通过阻止GDP-GTP交换,使常见的致癌 KRAS突变蛋白(包括 G12A/C/D/F/V/S、G13C/D、V14I、L19F、Q22K、D33E、Q61H、K117N 和 A146V/T 等多个位点)失活,约占 KRAS 突变诱发的癌症中的 98% 。这种泛 KRAS 抑制剂具有良好的选择性和低生物毒性,有望在未来的癌症治疗中大显身手,也为开发更多 KRAS 定向疗法提供了蓝图,如 GTP 结合 KRAS 的小分子抑制剂和靶向嵌合体的蛋白水解,让我们拭目以待吧!
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Ras抑制剂
Ras蛋白是一种单体 GTP 结合蛋白,具有GTPase活性,分布于胞质中,结合 GTP 时未活化状态,结合GDP 时为失活状态。30% 的人类恶性肿瘤与 Ras 基因突变有关,突变的 Ras 蛋白与 GTP 永久结合,导致细胞持续增殖。
https://www.targetmol.cn/target/Ras
PROTAC
PROTAC是一种异双功能小分子化合物,由两个配体(泛素连接酶 E3 配体和与细胞中目标靶蛋白结合的配体)通过 linker 相连,将目标靶蛋白和细胞内的 E3 泛素连接酶的距离拉近,利用“泛素-蛋白酶体”途径特异性的降解靶蛋白。
PROTAC是“不可成药”靶点靶向药物开发的一大利器。
https://www.targetmol.cn/pathway/protac
参考文献:
[1] Ian A. Prior, Fiona E. Hood, James L. Hartley; The Frequency of Ras Mutations in Cancer. Cancer Res 15 July 2020; 80 (14): 2969–2974. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-19-3682
[2] Punekar, S.R., Velcheti, V., Neel, B.G. et al. The current state of the art and future trends in RAS-targeted cancer therapies. Nat Rev Clin Oncol 19, 637–655 (2022). https://doi.org/10.1038/s41571-022-00671-9
[3] Kim, D., Herdeis, L., Rudolph, D. et al. Pan-KRAS inhibitor disables oncogenic signalling and tumour growth. Nature (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06123-3